Ks. Alfred Ryguła podjął na nowo starania o przejęcie kościoła poewangelickiego przez parafię rzymsko-katolicką w Obornikach. Trzeba zaznaczyć, że kościół od roku 1962 był wydzierżawiony na magazyn przez dyrekcję Państwowego Zespołu Sanatoriów Przeciwgruźliczych.
27 marca 1981 roku w piśmie do Metropolity Wrocławskiego  Henryka Gulbinowicza ówczesny Wojewoda Wrocławski Janusz Owczarek wyraził zgodę na przekazanie parafii rzymsko-katolickiej kościoła poewangelickiego w Obornikach Śląskich. Wkrótce, na podstawie decyzji Naczelnika Miasta i Gminy Oborniki Śląskie z dnia 5 kwietnia 1982 roku budynek wraz z otaczającym go terenem został przekazany parafii pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa w Obornikach Śląskich. Użytkowanie miało być wieczyste, ale później decyzją Wojewody Wrocławskiego z dnia 18 maja 1992 roku obiekt z posesją stał się własnością parafii (Księga Wieczysta nr 12238 w Państwowym Biurze Notarialnym w Trzebnicy).
Przejęty obiekt sakralny był w bardzo złym stanie technicznym. Remontem zajął się nowy proboszcz ks. dr Tadeusz Skwarczek.
25 lutego 1982 roku ks. Skwarczek pokazał stan budynku ks. dziekanowi W. Bochenkowi. Niedługo po tej wizycie ks. proboszcz zapisał w kronice parafialnej: Przygotowujemy się do remontu kościoła przy ul. Trzebnickiej. Kupiłem już 30 ton cementu i 10 ton wapna na sumę 152 000 zł, oraz półtorej tony blachy cynkowej o wartości 120 000 zł. Jest już ekipa dekarska z Wrocławia, która podejmuje się remontu dachu. Gdy się zrobi ciepło, rozpoczniemy prace”. Dniem rozpoczęcia prac remontowych był 11 maja 1982 roku. Rozpoczęto od remontu dachu, wymieniając część drewnianych krokwi. W tym okresie nie można było jeszcze rozpocząć prac remontowych wewnątrz świątyni, ponieważ jak uzgodniły strony 16 września 1981 roku, w kościele do dnia 30 czerwca 1983 będzie się znajdował centralny magazyn Zespołu Sanatoriów Przeciwgruźliczych, a więc do momentu wybudowania  przez tenże zespół nowych magazynów.
Ponieważ warunki sprzyjały kontynuacji prac w kościele, ks. proboszcz zwrócił się do dyrekcji Zespołu Sanatoriów Przeciwgruźliczych z pismem z dnia 31 maja 1982 roku, z prośba o wejście do kościoła.
Czas do 6 czerwca 1982 roku został wyznaczony jako termin opuszczenia zakrystii, aby można ją rozebrać i na jej miejsce wybudować zakrystię większą i piętrową.
Z początkiem lipca czterech murarzy z Wrocławia pod kierunkiem Jana Cisowskiego zaczęto budowę murów nowej zakrystii. Dobrze prowadzone prace przy remoncie kościoła wpłynęły na to, że ks. Skwarczek wystosował do wspomnianej instytucji pismo z datą 18 sierpnia 1982 roku, z żądaniem opróżnienia kościoła do dnia 15 września 1982 roku, mimo ze jego termin upływał dopiero 30 czerwca 1983 roku. Prace remontowe w kościele były tak zaawansowane i kosztowne, że nie można ich było wstrzymać. Dlatego należało przejąć kościół w oparciu o protokół zdawczo-odbiorczy z dnia 11 stycznia 1962 roku.
Postulowany termin opróżnienia kościoła nie został dotrzymany i dopiero w dniu 2 listopada 1982 roku spisano w biurze Państwowego Zespołu Sanatoriów Przeciwgruźliczych w Obornikach Śląskich protokół zdawczo-odbiorczy. Strony uchwaliły, że użytkownik pokryje koszty wynikłe z przeróbek dokonanych przez zespół sanatoriów.  
W trakcie załatwiania spraw czysto prawnych prace remontowe przeniosły się do wnętrza kościoła. Ks. Proboszcz zanotował w kronice parafialnej takie słowa na temat remontu: „Rozebrano ścianki działowe. Prace te wykonali parafianie w czynie społecznym. Oczyszczono cegłę i ułożono w szopie. Murarze wymieniają stropy w bocznych nawach. Stropy te, osadzone na drewnianych dźwigarach , zostały zniszczone przez zacieki. W ich miejsce stawia się dźwigary stalowe i stropy betonowe. Wszystkie prace są bardzo kosztowne, jednak nie ma alternatywnego wyjścia. Betonowe stropy dają częściowo za darmo nasi parafianie (…). Jest to wielkie wsparcie w pracach zabezpieczających kościół”. Podkreślając zaangażowanie ludzi ks. Skwarczek jeszcze dodał: „Mieszkańcy Kowal ofiarowali na kościół kilkanaście dębów. Przetarto je w prywatnym tartaku w Obornikach. Przy pracy pomagało kilku mieszkańców Kowal. Akcję zainicjował i poprowadził ks. Józef Czerepak, wikariusz parafii obornickiej”.
W tym samym czasie zainstalowano gaz do ogrzewania zakrystii. W grudniu murarze zakończyli wymianę stropów w bocznych nawach świątyni. Od 10 stycznia 1983 roku rozpoczęły się prace elektryczne. Od 7 lutego 1983 roku ekipa hydraulików zaczęła zakładać w zakrystii i w pokoju nad zakrystią instalację wodną oraz centralne ogrzewanie. Została wykonana konstrukcja żelazna schodów z zakrystii do pokoju na piętrze. Ponadto wykonano drzwi i okna w zakrystii  oraz drzwi wewnątrz kościoła.
W tym czasie dekarze trudzili się pracą na wieży. W poprzednim okresie, zanim przystąpiono do remontu kościoła, wiatr zerwał na wieży blachę miedzianą. Po świętach wielkanocnych położono posadzkę marmurową w zakrystii, a pod koniec maja 1983 roku rozpoczęto kładzenie podłogi marmurowej w prezbiterium kościoła i stopnia komunijnego. W lipcu zaczęto kłaść płyty marmurowe w nawach bocznych kościoła i w nawie głównej. Prace te zakończono w dniu 21 września. Natomiast prace tynkarskie wewnątrz kościoła zostały zakończone 6 sierpnia 1983 roku. 3 października 1983 roku ustawiono trzydzieści nowych ławek, każda o długości3, 5 metra.
Postęp prac pozwolił myśleć o rychłym poświęceniu świątyni. Wyznaczono datę 23 października 1983 roku, jako termin poświęcenia kościoła i pierwszej uroczystej mszy św.
Oto jak opisał to wydarzenie autor kroniki parafialnej: „Niedziela 23 X 1983 r. okazała się historyczna dla parafii Oborniki Śl. po raz pierwszy odprawialiśmy Mszę Święta w kościele protestanckim przy ulicy Trzebnickiej. Uroczystość była wspaniała. Mszę Świętą koncelebrowaną odprawili: ks. dziekan z Trzebnicy Wawrzyniec Bochenek, wiceprowincjał ks. Antoni Kiełbasa, ks. Jan Blokesz, ks. Jan Kachel i ks. Jerzy Sienkiewicz. Kazanie mające jako tło historię Obornik Śląskich i kościoła wygłosił ks. Antoni Kiełbasa.     
Kościół był wypełniony. W oczach wielu pokazały się łzy radości. Funkcjonowała już prowizoryczna radiofonizacja założona przez parafian, grały przywiezione przez nich organy elektroniczne. Wystąpiła orkiestra parafialna. Kościół zrobił na wszystkich imponujące wrażenie”.
W niedzielę 19 lutego 1984 roku po raz pierwszy celebrował Mszę Świętą w nowym kościele przełożony Polskiej Prowincji Salwatorianów ks. prowincjał Seweryn Kłaput z ks. Janem Laskiem i ks. Janem Sochą, członkami rady prowincjalnej.
Wielkim osiągnięciem było założenie ogrzewania w kościele. „W sobotę 3 marca – czytamy w kronice parafialnej – po raz pierwszy zaczęliśmy ogrzewać kościół św. Judy Tadeusza przy ul. Trzebnickiej. Nowy piec zrobili bracia Leszek i Adam Kamińscy. Zrobili go według własnej koncepcji na zasadzie dobrego spalania i grawitacji. Piec ogrzewa kanałami nawiewnymi, ponieważ dawniej kościół był ogrzewany podobnym systemem. Palenisko pieca ogrzewa zimne powietrze wciągane specjalnymi kanałami, a wypycha innymi powietrze ciepłe. Przy temperaturze zerowej na zewnątrz w kościele jest plus osiem stopni Celsjusza. A więc wielkie osiągnięcie – w kościele jest wystarczająco ciepło. W piecu palimy węglem – spala się on doskonale”.
Wykonane dotąd prace restauracyjne przy kościele przemawiały za tym, aby omówić z księdzem arcybiskupem wrocławskim Henrykiem Gulbinowiczem termin konsekracji ołtarza i murów kościoła. Termin został ustalony na niedzielę 16 września 1984 roku. Od tego czasu służył on jako kościół filialny parafii obornickiej i otrzymał wezwanie św. Judy Tadeusza.
Z inicjatywy ks. dra Tadeusza Skwarczka SDS podjęta została decyzja o wybudowaniu w nowym kościele organów. Prace projektowe i wykonawcze przeprowadził Zakład Budowy Organów Włodzimierza Truszczyńskiego z Warszawy; powstał instrument 22-głosowy o trakturze mechanicznej. 7. lipca 1988r. dwóch rzeczoznawców Komisji Muzycznej Kurii Metropolitalnej z Wrocławia dokonało odbioru instrumentu, którego tonacja został utrzymana w stylu muzyki barokowej.
W 90. latach XX w. dawni mieszkańcy Husiatyna, którzy licznie osiedlili się w Obornikach Śląskich, wsparci przez nieżyjącego już ks. Leszka Dulewicza SDS wystąpili do ks. prob. Franciszka Jadamusa z prośbą, by ogłoszono św. Antoniego drugim, równorzędnym patronem kościoła przy ul. Trzebnickiej. Husiatyn był bowiem w przedwojennej Polsce jednym z głównych miejsc kultu tego świętego, a obraz z jego podobizną znajdujący się w Obornikach słynął już od dawna mocą wielu błogosławieństw. 11. marca 1998r. ks. Henryk Kardynał Gulbinowicz, Arcybiskup Metropolita Wrocławski, wydał decyzję: „Do tytułu kościoła filialnego pw. św. Judy Tadeusza, istniejącego na terenie parafii pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa, niniejszym pismem dodaję drugiego równorzędnego Patrona . św. Antoniego Padewskiego.”
Jakie były dzieje obrazu przedstawiającego św. Antoniego? Zmiany granic państw po II wojnie światowej spowodowały konieczność opuszczenia przez ludność polską dawnych wschodnich województw Polski. W jednym z ostatnich transportów wywieziono z Husiatyna ojców klasztoru bernardynów. Zabrano wtedy obraz św. Antoniego Padewskiego i umieszczono w klasztornym korytarzu bernardynów w Alwerni koło Krakowa. W tym właśnie okresie zaginęły liczne wota i srebrna sukienka zakrywająca habit świętego. W latach 80. XX w. dawni mieszkańcy Husiatyna wystąpili z prośbą, wspartą przez ówczesnego proboszcza ks. dra Tadeusza Skwarczka o zwrot obrazu dawnym parafianom. Kilkukrotne wizyty delegacji mieszkańców, wśród których byli Maria, Jan i Ryszard Sobkowie, nie przyniosły rezultatu . rozważano jedynie możliwość wykonania jego kopii. Dopiero osobisty list Heleny Ziółkowskiej do arcybiskupa Diecezji Lwowskiej z siedzibą w Lubaczowie, ks. Mariana Rechowicza, który także pochodził z Husiatyna, zakończył się częściowo powodzeniem. O. Ewaryst Tomala, przełożony klasztoru, napisał w dokumencie przekazującym obraz, że wyraża zgodę jedynie na jego dziesięciomiesięczne wypożyczenie celem zrobienia kopii. 13. czerwca 1983r. w kościele parafialnym, gdzie tymczasowo umieszczono obraz, została odprawiona uroczysta Msza św. w intencji czcicieli św. Antoniego. Gdy kościół pomocniczy przy ul. Trzebnickiej został oddany do użytku, 23. października 1983r. przeniesiono tam obraz i umieszczono w bocznej kaplicy. Prace renowacyjne wykonał art. mal. ks. Antoni Polaniak. Mimo tej tymczasowości istnienia obrazu w Obornikach Śląskich ojcowie bernardyni nie upominali się o jego zwrot. Taki stan trwał do 21. września 1989 r., kiedy to Wojewódzki Konserwator Zabytków we Wrocławiu wszczął postępowanie administracyjne w sprawie wpisania obrazu do rejestru zabytków wyposażenia kościoła pomocniczego przy ul. Trzebnickiej. 30. grudnia 1989 r. obraz został wpisany do rejestru zabytków i stał się własnością obornickiej parafii. Obecnie znajduje się w nawie głównej, po lewej stronie prezbiterium. Nie ustalono dotąd, kto był jego twórcą, chociaż już wiadomo, że powstał w połowie XVIII w. w stylu późnobarokowym: „Jest to obraz w kształcie stojącego prostokąta, zamknięty wklęsło-wypukłym łukiem. Przedstawia całą stojącą postać świętego, zwróconą nieco w lewo. Lewa noga nieco zgięta w kolanie. Odziany w brązowy habit, przepasany długim sznurem z węzłami i sandały na nogach. Twarz bardzo schematyczna, pochylona w stronę trzymanego na rękach Dzieciątka. Siedzi Ono na wprost, odziane w luźną, długą, białą szatę. Prawa ręka Dzieciątka wzniesiona do góry, lewa podtrzymuje świętego za brodę. W tle po lewej stronie widoczny pilaster na wysokim cokole. Posadzka szara, tło w brązach i ugrach. Obraz w ramie drewnianej, przemalowanej farbą olejną” Obraz jest dość duży, o wymiarach: 200 x 120cm.
Innym znaczącym dziełem sztuki znajdującym się w kościele jest wykonany przez Klarę von Grapow pastisz obrazu holenderskiego mistrza „Zdjęcie Chrystusa z krzyża”. W protokole zdawczo-odbiorczym z 11. stycznia 1962 r., przekazującym budynek pod zarząd Państwowego Zespołu Sanatoriów Przeciwgruźliczych, zaznaczono, że znajduje się w nim „jeden uszkodzony obraz”. Wyposażenie kościoła trafiło wówczas do różnych parafii, a obraz przechował w swoim garażu jeden z parafian. W grudniu 1993 r. przekazał go ówczesnemu proboszczowi ks. dr Tadeuszowi Skwarczkowi. Dzieło o sporych rozmiarach: 220 x 160cm przedstawia scenę opłakiwania Chrystusa przez św. Jana, Matkę Bożą i Marię Magdalenę w chwili zdjęcia ciała Jezusa z krzyża. Obraz został wykonany w 1908 r. techniką olejną na lnianym płótnie. Odzyskane dzieło było w bardzo złym stanie. Wystrzępione na brzegach płótno miało ślady gwoździ i załamania na złożeniach, ogniska pleśni, a ubytki warstwy malarskiej sięgały nawet 50%. Prace konserwatorskie wykonała w 1994r. Grażyna Cyunelis z Wrocławia. Ramę obrazu zaprojektował art. mal. Stanisław Babczyński z Obornik Śląskich, a wykonał Lucjan Krzysztofiuk z Wrocławia. W niedzielę 12 marca 1995 r. obraz przyozdobił wschodnią ścianę prezbiterium.